Nueva estrategia para el diseño de colecciones nucleares para estudios de asociación genética

Resumen

Las colecciones nucleares son ampliamente utilizadas para diferentes fines, tanto en investigación como para conservación de germoplasma. En la actualidad, el proyecto RF2012-27, que aglutina a la práctica totalidad de colecciones nacionales de vid, tiene entre sus objetivos la creación de una colección nuclear de vid que represente la diversidad genética de la vid en España. Existen diferentes posibilidades para generar colecciones nucleares, en función del objetivo, pero resulta de interés producir colecciones nucleares que puedan servir para una amplia gama de aplicaciones. Uno de los métodos más comunes utiliza la estrategia de maximización alélica (M-strategy), basado en la selección, en una colección global, de aquellas accesiones que maximizan la riqueza alélica de la sub-colección o colección nuclear. Sin embargo, las clases minoritarias a menudo aparecen en una frecuencia muy baja en la colección nuclear, lo que puede representar un problema para algunas aplicaciones, como los estudios de asociación genética. En este tipo de estudios se intenta relacionar una determinada característica observable o medible (fenotipo) con un determinado cambio o polimorfismo en la secuencia de ADN (genotipo). En estos estudios, la existencia de clases fenotípicas y/o genotípicas con baja frecuencia puede dar lugar a la aparición de falsos positivos, asociaciones espurias que complican mucho el análisis. Asimismo, reducen la potencia del análisis, o capacidad para detectar asociaciones reales, dando lugar a la aparición de falsos negativos. En este trabajo se propone y evalúa una nueva metodología para construir colecciones nucleares utilizando la estrategia de maximización en pasos secuenciales, para aumentar la frecuencia de las clases minoritarias.