Zigzag persistent homology for processing neuronal images

  1. Mata, G. 1
  2. Morales, M. 2
  3. Romero, A. 1
  4. Rubio, J. 1
  1. 1 Universidad de La Rioja
    info

    Universidad de La Rioja

    Logroño, España

    ROR https://ror.org/0553yr311

  2. 2 Universitat Autònoma de Barcelona
    info

    Universitat Autònoma de Barcelona

    Barcelona, España

    ROR https://ror.org/052g8jq94

Revista:
Pattern Recognition Letters

ISSN: 0167-8655

Año de publicación: 2015

Volumen: 62

Páginas: 55-60

Tipo: Artículo

DOI: 10.1016/J.PATREC.2015.05.010 SCOPUS: 2-s2.0-84936806400 WoS: WOS:000357048400009 GOOGLE SCHOLAR

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2015/00074/001

Resumen

We apply the ideas of zigzag persistence to determine the objects of interest in stacks of neuronal images, locating and marking different dendrites. In particular, this allows us to recognize some 3D properties of the objects, distinguishing dendrites that cross, but not intersect, in the ambient space. The algorithms are implemented in a Fiji/ImageJ plugin, usable on two different kinds of images. © 2015ElsevierB.V.Allrightsreserved.